‘ paper ’ カテゴリーのアーカイブ
前回の続き。配列類似性、遺伝子重複、アイソザイム、ロバスト性に関して調査。[ もっと読む ]
Multiple High-Throughput Analyses Monitor the Response of E. coli to Perturbations 大腸菌の遺伝子変動や環境変動の応答を明らかにするために、希釈率を変えた野生株と中央代謝系の遺伝子破壊株を対象にして、さまざまな階層の網羅的なハイスループット測定＆解析を行った。ハイスループットの内容は、mRNA(qRT-PCR)、タンパク質(LC-MS/MS、2D-DIGE)、代謝物質(CE-TOFMS)。そして、意味づけに代謝流束解析。その結果、変動の際にmRNAやタンパク質量は少しながらも変化するが、代謝産物の量は一定していること。アイソザイムや代謝流束の経路の変化によりカバーしていることを示唆した。[ もっと読む ]
Phylophenetic properties of metabolic pathway topologies as revealed by global analysis を読み中。英語が読みにくい。正しい英語で書かれているから？（笑） えっと内容は・・・ さまざまな生物種で、代謝反応パスウェイのトポロジに基づく系統樹を 16S rRNA に基づく系統樹と比較。また代謝反応パスウェイの系統樹をquartet 法なるものをつかってまとめることで、代謝反応ネットワーク全体の系統樹 を作成し、それもまた 16S rRNA に基づく系統樹と比較した。そして、全体 なネットワークによる系統樹ほうが、遺伝子にベースの系統樹より高くなる 結果を得た。また、遺伝情報とは異なる部分を識別した。 らしい。 手法がぜんぜん読解できませんっ。知りたいところがあるのに～。うっきー。[ もっと読む ]
自分用のメモでござる。気にしないで下さい。[ もっと読む ]
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