発表資料を作り終わってさえいれば、電車の中とかで見返すことができるんですが・・・ね？このままでは大失敗するパターン。やばいなと思いながら、のろのろ。

着物をドイツできるのは2度目。1回目もつい最近で教授に食事にさそわれたときにきました。無駄にならなくて良かった。

しかし、研究室で着物姿ってけっこう違和感があります。1時間後に発表です。どうなることやら。

—

発表が終わりました。うおー。内容がどうかはともかく、そこそこ喜んでもらえた模様。セリフも大体覚えてた通りに言えました。うほ。

今後にむけて、午後にミーティングをするそうです。そのあと別のゼミがあります。今日はハード。

ちなみに、一週間後にイギリスで、別テーマのプレゼンをします。なのに週末はベルリンへ遊びに行きます。

体力勝負！

P.S. 1. 夕方のゼミでは、うとうとしちまいました。

P.S. 2. 着替えを持ってきていたのに、靴持ってくるのを忘れていました。＿|￣|○　結局いったん帰宅 by 恥ずかしい足もとで。

しかし、うぅ。全体を見直して、本年度中に再挑戦しようと思います。それにしても、落ち込みます。しくしくしく…。

Fedora 8 → Fedora 9 アップデート

fedora-release　と　fedora-release-notes　のダウンロード。

wget http://ftp.kddilabs.jp/Linux/packages/fedora/releases/9/Fedora/x86_64/os/Packages/fedora-release-9-2.noarch.rpm
wget http://ftp.kddilabs.jp/Linux/packages/fedora/releases/9/Fedora/x86_64/os/Packages/fedora-release-notes-9.0.0-1.noarch.rpm
rpm -Uvh fedora-release-9-2.noarch.rpm fedora-release-notes-9.0.0-1.noarch.rpm

upgradeを実行。

yum remove thunderbird # 一度消さないと駄目らしい
yum clean all
yum update rpm\* yum\*
yum upgrade

色々エラーがで出ました。

Error: Missing Dependency: libgcj.so.8rh is needed by package frysk
Error: Missing Dependency: libcrypto.so.6 is needed by package stunnel
Error: Missing Dependency: libssl.so.6 is needed by package transmission
Error: Missing Dependency: libssl.so.6 is needed by package stunnel
Error: Missing Dependency: libldap-2.3.so.0 is needed by package cups
Error: Missing Dependency: libcrypto.so.6 is needed by package transmission

なので、エラーが出たパッケージを削除。

yum remove frysk
yum remove stunnel
yum remove transmission
yum remove cups

そして、再度 upgrade を実行。

yum clean all
yum upgrade

今度こそ大丈夫なだったようで以下のような表示が出るので、y でインストール続行。

Is this ok [y/N]:

再起動して色々動作確認して完了。OKぽいです。

reboot

Fedora 9 → Fedora 10　アップデート

wget http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/fedora/releases/10/Fedora/x86_64/os/Packages/fedora-release-10-1.noarch.rpm
wget http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/fedora/releases/10/Fedora/x86_64/os/Packages/fedora-release-notes-10.0.0-1.noarch.rpm


rpm -Uvh fedora-release-notes-10.0.0-1.noarch.rpm fedora-release-10-1.noarch.rpm
yum clean all
yum upgrade

この状態で一晩放置していたら、遅いパッケージにぶち当たり途中で停滞していました。upgrade を中断して yum を先に更新。そして upgrade を再開したら回復しました。

yum update rpm\* yum\*
yum upgrade

Update 終了、勝手にネットワーク接続が切れて焦りましたが、問題なさげなかんじです。

参考：
Linux LAB: Fedora 8 → Fedora 9　アップグレード
Fedora Upgrade pukiwiki
http://fedoraproject.org/wiki/YumUpgradeFaq

(1) Stand-alone BLAST のインストール

NCBI BLAST Download (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/download.shtml)にいき、platform の win32-ia32 の blast をDL。

C:\blast\ に blast-2.2.20-ia32-win32.exe を保存し、コマンドプロンプトから blast-2.2.15-ia32-win32.exe を実行（インストール状況の確認のため）。これで、C:\blast\ 以下に bin, doc, data フォルダが作成される。

システム環境変数の Path の最後に C:/blast/bin; を追加する。

次に、C:/WINDOWS/ncbi.ini を作成し、中身を以下のように書く。

[NCBI]
Data=”C:/blast/data/”

コマンドプロンプトを立ち上げ、blastall と入力したときに BLAST のオプションの説明が出れば成功している。

(2) Database のダウンロードとフォーマット

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/ から、動作確認用に yeast.nt.gz と yeast.aa.gz をダウンロードし、C:\db\ に保存。

保存したフォルダに行き、DLしたファイルを解凍。cygwin を入れていたので gzip で解凍した。入れてない場合は、gunzip とか解凍用ソフトを入れて解凍する。

gzip -d yeast.nt.gz
gzip -d yeast.aa.gz

次に、ファイルフォーマットを以下のコマンドで変換する。

formatdb -i yeast.nt -p F -o T
formatdb -i yeast.aa -p T -o T

-i はフォーマットするファイル名。-p は核酸データ(F)かタンパクデータ(T)かの選択。
うまく実行できると、formatdb.log に

Version 2.2.20 [Feb-08-2009]
Started database file “yeast.aa”
Formatted 6298 sequences in volume 0
SUCCESS: formatted database yeast.aa
Version 2.2.20 [Feb-08-2009]
Started database file “yeast.nt”
Formatted 17 sequences in volume 0
SUCCESS: formatted database yeast.nt

なんて結果がでる。最後は、C:\blast/database\test.txt として以下の内容のファイルを作成。

>Test
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC
TTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAA
TATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACC
ATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAG
CCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTTTTTTTTCGACCAAAGGTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAA
GTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCC
AGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTG
AAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAGCGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTT

blast を実行する。

blastall -p blastn -d yeast.nt -i test.txt -o test.out

p はプログラム名、-d は解析するデータ、-i は sequence of interest の入ったファイル名、-o は解析結果をはきだすファイル名。test.out ができて解析結果が入っていれば成功。

私の場合は以下のような感じになっていた。

BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
“Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs”, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= Test
(560 letters)
Database: yeast.nt
17 sequences; 12,155,026 total letters
Searching…………………………………………..done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
ref|NC_001145.1| Saccharomyces cerevisiae chromosome XIII, compl… 32 1.3
ref|NC_001142.1| Saccharomyces cerevisiae chromosome X, complete… 32 1.3
ref|NC_001136.2| Saccharomyces cerevisiae chromosome IV, complet… 32 1.3
ref|NC_001148.1| Saccharomyces cerevisiae chromosome XVI, comple… 30 5.2

これで動作確認が終了。

ちなみに、そのプログラムは VC2003 で作られられていて、VC2008に移植すると、コンパイル時で警告が出ましたので対応をリストしておきます。

1つは、

warning D9035 : オプション ‘Wp64′ の使用は現在推奨されていません。今後のバージョンからは削除されます

という警告。これはプロジェクトのプロパティから「C/C++」→「全般」の「64ビット移植への対応」を「いいえ」にしたら消える。

もう1つは、

warning C4996: ‘strcpy’ が古い形式として宣言されました。

これは strcpy, strcat, sprintf のような標準Cの文字列操作関数の利用が非推奨になったっためらしい。代わりに strcpy_s, strcat_s, sprintf_s などを使えと。

ただ、直すのは面倒なので、同じくプロジェクトのプロパティの「プリプロセッサの定義」に、_CRT_SECURE_NO_DEPRECATE をつけて黙らす。

最後に、「Visual Studio 2005 および Visual Studio 2008 のウィザードでポップアップ スクリプトエラーが出る」という問題。

IE 8 のせいで！（最悪！！）VS2005 と VS2008 で、関数や変数、クラス、新規プロジェクトを追加したときに問題が起きるとか。詳細はこちら。

簡単にいうと、以下のレジストリを追加して解決。

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones

にキーを作成し、以下のDWORD 値を入力。

名前 1207
種類 REG_DWORD
データ 0×000000

でも、肝心のエラーはこれが原因ではなさげ。やれやれです。

ちなみに私のステータスは、「高校のときに顕微鏡を扱ったきり」。レベル0ってやつです。レベル上げがいが(ｒｙ

というわけで、3月末から実験の作業の見学をしていました。そして、今日はとうとう線虫を、すくっては投げ、すくってては投げする練習です。

待ち針ぐらいの細さで先がスコップ状になった針を使い、顕微鏡でシャーレ内のヤツを別のシャーレに・・・

ここは、医龍とかゴルゴみたく「卓越した技術で」といきたいところです。しかし実際は・・・

先生っっ、針が顕微鏡で見えましぇん！
# 先生は私で、教えてもらってる人が学生さんなのですが。

2～3時間、一人で巴投げの練習を繰り返しました。腕と目がイタヒ。

Can Sequence Determine Function ?

遺伝子配列からタンパク機能予測における問題を提唱した論文。酵素反応にとって重要なのは、基質特異性と、その活性部位。そのため、遺伝子が相同（共通祖先に由来するタンパク質）である場合でも、異なる酵素を触媒する（パラログ）例や、複数の機能を持つ例をあげている。

1つの例は、酸化反応（oxidation reaction）の一種で、互いに family（配列一致が30％以上)の関係にありながら、同一の基質から異なる生成物を作成することを指摘。

この論文のなかで、トリプトファンとヒスチジンパスウェイの進化も言及している。トリプトファン合成に係る酵素をコードする遺伝子 trpF と trpC の遺伝子一致率は、22%（大腸菌で）、しかしタンパクの構造はともにb/aバレル構造と。同じく、ヒスチジン合成に係る遺伝子 hisFと hisA も、25%（超好熱菌 Thermotoga maritima）。こいつらも b/a バレル構造。

Homologous proteins need not catalyze the same chemical reaction. Homologus result from divergent evolution: a progenitorgene is duplicated and its copy assumes a new function in response to selective pressure.

Homology, Pathway Distance and Chromosomal Localization of the Small Molecule Metabolism Enzymes in Escherichia coli

大腸菌の酵素の、パスウェイ上の近さ、タンパク質相同性（タンパク構造の類似と、配列一致による分類）、タンパクをコードする遺伝子の染色体上での位置の関係を調査した論文。以下の1から3を示した。

1. パスウェイ上の距離で3ステップ以内にある遺伝子が相同である率は優位に高い(2.9% vs. 1.5%)。
2. パスウェイ上で近い位置にある遺伝子は染色体上で近い傾向にある(パスウェイ上で4以下であるタンパク質の組のうち12％が染色体上で5遺伝子内に位置する）（ただし、これはオペロンの影響と考えられ、オペロンではない遺伝子のみに限ってみると、パスウェイ上で隣り合っても染色体上では隣あうという傾向は見られない）。
3. 染色体上で近い位置の遺伝子は相同である傾向が強い（5遺伝子内なら5.2% 、以外は1.7%）。

そして、酵素のパスウェイ上での再利用や、4つの多機能酵素、9つの多基質特異性を持つ酵素（異なる基質かでありながら同じ反応を触媒する）、同一基質・生成物ながら複合体は異なるケースを確認した。そして、59のアイソザイムを特定した。　

Adaptive Evolution of Bacterial Metabolic Networks by
Horizontal Gene Transfer

遺伝子水平伝播(HGT)の影響を、大腸菌と酵母の遺伝子比較から解析した論。大腸菌遺伝子のアミノ酸一致率は、酵母と比べて非常に低いことを示した。そして、大腸菌において遺伝子重複が遠い過去におき、その後さかんに変異がおきた可能性を示唆した。また2つの生物の系統の分岐からさかのぼって、遺伝子の水平伝播は1億年に15-32だが、遺伝子重複は1回であるということを示した。水平伝播遺伝子を含むオペロンの例 atoDAE, codBA, synTSX などがあげられている。

Metabolic Network Analysis of the Causes and Evolution of Enzyme Dispensability in Yeast

酵母遺伝子のうち80％は実験環境で必須ではない。その原因はなにかをFBAを使って解析した論文。15-28%の遺伝子がアイソザイムで回避、4-17%が代わりとなるパスウェイを使って回避、37-68%の遺伝子が環境特異性を示す結果をえた。

大腸菌の遺伝子変動や環境変動の応答を明らかにするために、希釈率を変えた野生株と中央代謝系の遺伝子破壊株を対象にして、さまざまな階層の網羅的なハイスループット測定＆解析を行った。ハイスループットの内容は、mRNA(qRT-PCR)、タンパク質(LC-MS/MS、2D-DIGE)、代謝物質(CE-TOFMS)。そして、意味づけに代謝流束解析。その結果、変動の際にmRNAやタンパク質量は少しながらも変化するが、代謝産物の量は一定していること。アイソザイムや代謝流束の経路の変化によりカバーしていることを示唆した。

とりあえずカメラレディの準備だ。