インストール画面の「Modify Security Setting」のところで、旧パスワードを入れるように求められるが、もうすでに覚えておらず、おかげで最後の「Apply security setting」が失敗。インストールが完了しない。

エラーメッセージは、Can’t connect to MySQL server on ‘localhost’ (10061)。

MySQLログインしようとしてもログインできない状況でした。

なら、いったんきれいに消してしまえばいいはずと、

・インストール時に登録されたサービスを削除
・プログラムの追加と削除からアンインストール
・インストールフォルダを削除
・設定ファイルmy.iniがないか確認し、あれば削除（でも、見つからず）
・再起動

しても、うまくインストールできない。どこかに設定が残っている様子です。mysqladmin を使ってインストール後にrootパスワードを変更するという方法もあるとWebで見ましたが、変更するためにパスワードを聞きやがるのでできません。ききき。

答え。前のインストール時に C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\MySQL　にフォルダが作られている！

こいつが元凶です。きれいにフォルダごと削除してからインストールしたら、初期状態でのインストールが可能になりました。ひどい・・・。Windows の仕様ですか？そうですか？

これで、Microsoft Office Outlook に残るのは、アドレス帳だけ。Google 様のアドレス帳の項目がえらく限られているから、さすがに移せない。

1. RからC言語のプログラムを実行する
2. GSLをCのプログラムで利用する
3. GSLを使うCのプログラムをRから実行する

という内容。cygwin の devel 環境は入っているのが前提。入ってないなら、そもそも cygwin ではなく、MinGW とか使うほうが簡単らしい。環境は cygwin ver. 1.7.1 + R ver. 2.9.2。

1. RからC言語のプログラムを実行する

cygwin のホームにRから起動するC言語のソースファイル /home/username/mysum.c を 準備する。

void mysum(double *a, double *b, double *c)
{
  double sum;
  sum =  *a + *b;
  *c = sum;
}

}の後に改行が必要。ないとコンパイル時に「warning: no newline at end of file」というエラーになる。

cc1.exe と libgcc.a があるディレクトリを探す。私の場合は以下3ヵ所にありました。

/usr/lib/gcc/i686-pc-cygwin/3.4.4
/usr/lib/gcc/i686-pc-cygwin/4.3.4
/usr/lib/gcc/i686-pc-mingw32/3.4.4

cygwin 上でパスを通す。

> export PATH=$PATH:/usr/lib/gcc/i686-pc-cygwin/3.4.4

次に、-mno-cygwin オプションをつけて作ったソースをコンパイルする。

> gcc-3 -shared -o mysum.dll mysum.c -mno-cygwin -L/usr/lib/gcc/i686-pc-cygwin/3.4.4 -lgcc

これで mysum.dll が作られる。

コンパイラはデフォルトの gccではなく gcc-3 にする。gcc つまり gcc-4 だと「The -mno-cygwin flag has been removed; use a mingw-targeted cross-compiler」というエラーになる。

その場で R を起動し、作成したdllをdyn.loadで読み込む

> R
dyn.load("mysum.dll")


R上でC言語関数の読み出し専用の関数を準備し実行。

mysum <- function(a,b) {
  .C("mysum",            # Cルーチン名
      arg1=as.double(a), # Cルーチン第1引数の型指定
      arg2=as.double(b), # Cルーチン第2引数
      arg3=double(1)     # Cルーチン第3引数
     )
}
(z <- mysum(1.234,2.345))


$arg1
[1] 1.234
$arg2
[1] 2.345
$arg3
[1] 3.579
が出力されればOK

2. GSLをCのプログラムで利用する

cygwin を入れた時点でGSLのライブラリは入っているようす。コンパイルの必要は特にありません。/usr/lib に、libgsl.a, libgsl.la, libgslcblas.a, libgslcblas.la があることを確認しておく。

http://www.ai-gakkai.or.jp/jsai/journal/toolbox/04/#FOURTH からサンプルをDLし、解凍。rand.cとeigen.cをコンパイル＆実行する。

> gcc -o rand.exe rand.c -lgsl
> ./rand.exe
An instance = 0.999742

> gcc -o eigen.exe eigen.c -lgsl -lgslcblas
> ./eigen.exe
eigenvalue = 4.01673
eigenvector =
0.0379945
0.999278
eigenvalue = 0.888063
eigenvector =
0.999278
-0.0379945

こちらのコンパイルは、ステップ1のときとは違い、gcc-3 だけではなく gcc のほうでも通りました。Rがらみのコンパイルをするときはgcc-3のほうが安全なようです。

3. GSLを使うCのプログラムをRから実行する

mysum.c のときと同じく、以下 mybess.c を準備

#include <stdio.h>
#include <gsl/gsl_sf_bessel.h>
void mybess(double *x, double *y)
{
  *y = gsl_sf_bessel_J0 (*x);
}

gsl/gsl_sf_bessel.h がある場所を確認する。私の場合は、/usr/include/ つまり C:\cygwin\usr\include\ にありました。で、そのオプションをつけてコンパイル。

> gcc-3 -shared -o mybess.dll mybess.c -mno-cygwin -I/usr/include -L/usr/lib/gcc/i686-pc-cygwin/3.4.4 -lgcc -lgsl -lgslcblas

warning が出ます。

In file included from /usr/include/gsl/gsl_sf_bessel.h:25,
from mybess.c:2:
/usr/include/stdlib.h:104: warning: `warning' attribute directive ignored
/usr/include/stdlib.h:109: warning: `warning' attribute directive ignored

DLLはできている模様。あとは、R で呼び出し関数を作って実行・・・なのですが以下まだうまくいきません。クラッシュする様子。

> R
dyn.load("mybess.dll")
mybess = function(x) {
  .C("mybessel", as.double(x), result = double(1))$result
}
mybess(5)
-0.1775968

参考URL
・Rから他言語利用
・RからGSL(WinXP用）
・Windows で GSLをビルドとインストール（Cygwin を使用）

ちなみに、wordpress.com で新たにドメインを登録する場合、年間15ドル必要ですが、すでにドメインを持っている場合は10ドルです。今回のように、段階的に、手っ取り早く（？）行いたい場合は、このやり方も良いと思いますが、結局、独自ドメインの取得料とマッピング料で、年間何千円かかかっていますので、一からサーバーをどうするか考える場合は、もっと良いやり方があると思います。

では、以下マッピング方法。

wordpress の自分のHPの「マイダッシュボード」にアクセスして、「アップグレード」→「ドメイン」をクリック。

ドメインのところに、自分が取得している独自ドメインの名前を入れます。そして「ブログにドメインを追加する」を押します。

ボタンを押したら以下のような画面が出るので、「9.97クレジットの購入」をぽちっと。

お金を払う画面が出てくるので、とりあえず「Country」を「Japan」に変更します。

自分のクレジットカードの情報を頑張って入力。

手続きが完了すれば以下のような画面になります。

この間に、とりあえずドメインを取得したところの管理ページ（私の場合は、valuedomain） に行き、ネームサーバーの設定を wordpress のものに書き換えます。

ns1.wordpress.com
ns2.wordpress.com
ns3.wordpress.com

ドメインの変更はすぐには反映されません。ブラウザで、設定した独自ドメインにアクセスしても「Gateway Timeout」とか出ます。何時間かはほっときます。

だいぶ待つと、wordpress の設定画面で、つなげたドメインが見れるようになります。

これで、無事完了。

(1) ローカルエリア接続にインターネット接続の共有を設定

• 「ローカルエリア接続」のプロパティを開いて「詳細設定」をクリック。
• インターネット接続の共有」で、「ネットワークのほかのユーザに、このコンピュータのインターネット接続をとおしての接続を許可する」にチェック。
• 「ホームネットワークの接続」を「ワイヤレスネットワーク接続」にする。ここでワイヤレスが選べないときはワイヤレスの利用有効になっていない。有効にしてから手続きをやり直す。
• 「ネットワークのほかのユーザに、共有インターネット接続の制御や無効化を許可する」はチェックせず「OK」を押す

(2) ワイヤレスネットワーク接続の設定を変更

• (1)の手続きをすると「ワイヤレスネットワーク接続」の「インターネットプロトコル(TCP/IP)のプロパティ」の IP が「192.168.0.1」サブネットマスク「255.255.255.0」になる。
  が、再度「全般」タブで「インターネット プロトコル(TCP/IP)」のプロパティを開き、「IPアドレスを自動的に取得する」を選択し、「DNSサーバーのアドレスを自動的に取得する」も選択したほうがいいかんじ。こうすることで、つながる相手（今回はiPhone）に対してDHCPでIPアドレスやDNSサーバーを提供するようになる。
• しかし、自分自身のアドレスはDHCPでは取得できないので、「代替の構成」タブをクリックして、DHCPが使えない場合に備える（IP「192.168.0.1」サブネットワーク「255.255.255.0」）。
• この後、無線LANの「ネットワークの構成」でネットワークを作成するのだが…(参考)。私の場合、インテルProSet/Wireless WiFi 接続ユーティリティが動いているため、一般的な「ネットワークの構成」項目はない状態。WiFi接続ユーティリティを右クリックし「WiFiを設定する」を選択。「プロファイル」で「追加」を押す。
• 「プロファイル名」「WiFiネットワーク名」を適当に書き入れて操作モードを「アドホック」にチェック。
• セキュリティ設定で、エンタープライズセキュリティを選び、WEPのデータ暗号化を選択。
• パスワードを設定して「OK」を押す。

(3) iPhone から 作成した無線LANに接続

iPhone側に指定したSSIDやWEPキーを指定し接続する。なお、iPhone からのアクセスが切れたときに「ピア相手がいません」とかでエラーが出てその後接続がうまくいかなくなることがある様子。エラーが出たときに「ピア相手がいない」ことをエラーの条件から外しておく。

Jazz Sculptor という彫刻が出来るアプリで堀ったものです。掘る素材は、大理石とかスイカなどいろいろ増えました。でも、掘る道具はまだ1種類しか実装されていないので、今後の拡張に期待です。細かく削れるやつとか、紙やすりが欲しい。

半年ほど海外生活をするため、自宅サーバーの面倒が見れません。そのため、wordpress.com に arumajiro.wordpress.com のアカウントを取ってテストしています。うまくいけば、simplequest.jp にアクセスした人が自動的に arumajiro.wordpress.com に転送されるようになるはず。ドメインの転送をはじめてみましたが、うまくいっているでしょうか？

wordpress.com は無料で3GBが利用可能です。xxx.wordpress.com のxxxのところに取りたい名前を入れたら、誰が使っているか or 使っていないかがすぐわかり、取得も簡単です。有料サービスで、いままで使っていたドメイン simplequest.jp をリンクできるのがみそです。ドメインの転送方法をUPする予定です。

2009年6月8日 追記：

移行にともない、http://simplequest.jp/~corn/ というURLはなくなりました。http://simplequest.jp/ に書き換えをお願いします。

2009年9月27日 追記：

ドメインの転送方法をアップしました。

Fedora 8 → Fedora 9 アップデート

fedora-release　と　fedora-release-notes　のダウンロード。

wget http://ftp.kddilabs.jp/Linux/packages/fedora/releases/9/Fedora/x86_64/os/Packages/fedora-release-9-2.noarch.rpm
wget http://ftp.kddilabs.jp/Linux/packages/fedora/releases/9/Fedora/x86_64/os/Packages/fedora-release-notes-9.0.0-1.noarch.rpm
rpm -Uvh fedora-release-9-2.noarch.rpm fedora-release-notes-9.0.0-1.noarch.rpm

upgradeを実行。

yum remove thunderbird # 一度消さないと駄目らしい
yum clean all
yum update rpm\* yum\*
yum upgrade

色々エラーがで出ました。

Error: Missing Dependency: libgcj.so.8rh is needed by package frysk
Error: Missing Dependency: libcrypto.so.6 is needed by package stunnel
Error: Missing Dependency: libssl.so.6 is needed by package transmission
Error: Missing Dependency: libssl.so.6 is needed by package stunnel
Error: Missing Dependency: libldap-2.3.so.0 is needed by package cups
Error: Missing Dependency: libcrypto.so.6 is needed by package transmission

なので、エラーが出たパッケージを削除。

yum remove frysk
yum remove stunnel
yum remove transmission
yum remove cups

そして、再度 upgrade を実行。

yum clean all
yum upgrade

今度こそ大丈夫なだったようで以下のような表示が出るので、y でインストール続行。

Is this ok [y/N]:

再起動して色々動作確認して完了。OKぽいです。

reboot

Fedora 9 → Fedora 10　アップデート

wget http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/fedora/releases/10/Fedora/x86_64/os/Packages/fedora-release-10-1.noarch.rpm
wget http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/fedora/releases/10/Fedora/x86_64/os/Packages/fedora-release-notes-10.0.0-1.noarch.rpm


rpm -Uvh fedora-release-notes-10.0.0-1.noarch.rpm fedora-release-10-1.noarch.rpm
yum clean all
yum upgrade

この状態で一晩放置していたら、遅いパッケージにぶち当たり途中で停滞していました。upgrade を中断して yum を先に更新。そして upgrade を再開したら回復しました。

yum update rpm\* yum\*
yum upgrade

Update 終了、勝手にネットワーク接続が切れて焦りましたが、問題なさげなかんじです。

参考：
Linux LAB: Fedora 8 → Fedora 9　アップグレード
Fedora Upgrade pukiwiki
http://fedoraproject.org/wiki/YumUpgradeFaq

(1) Stand-alone BLAST のインストール

NCBI BLAST Download (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/download.shtml)にいき、platform の win32-ia32 の blast をDL。

C:\blast\ に blast-2.2.20-ia32-win32.exe を保存し、コマンドプロンプトから blast-2.2.15-ia32-win32.exe を実行（インストール状況の確認のため）。これで、C:\blast\ 以下に bin, doc, data フォルダが作成される。

システム環境変数の Path の最後に C:/blast/bin; を追加する。

次に、C:/WINDOWS/ncbi.ini を作成し、中身を以下のように書く。

[NCBI]
Data=”C:/blast/data/”

コマンドプロンプトを立ち上げ、blastall と入力したときに BLAST のオプションの説明が出れば成功している。

(2) Database のダウンロードとフォーマット

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/ から、動作確認用に yeast.nt.gz と yeast.aa.gz をダウンロードし、C:\db\ に保存。

保存したフォルダに行き、DLしたファイルを解凍。cygwin を入れていたので gzip で解凍した。入れてない場合は、gunzip とか解凍用ソフトを入れて解凍する。

gzip -d yeast.nt.gz
gzip -d yeast.aa.gz

次に、ファイルフォーマットを以下のコマンドで変換する。

formatdb -i yeast.nt -p F -o T
formatdb -i yeast.aa -p T -o T

-i はフォーマットするファイル名。-p は核酸データ(F)かタンパクデータ(T)かの選択。
うまく実行できると、formatdb.log に

Version 2.2.20 [Feb-08-2009]
Started database file “yeast.aa”
Formatted 6298 sequences in volume 0
SUCCESS: formatted database yeast.aa
Version 2.2.20 [Feb-08-2009]
Started database file “yeast.nt”
Formatted 17 sequences in volume 0
SUCCESS: formatted database yeast.nt

なんて結果がでる。最後は、C:\blast/database\test.txt として以下の内容のファイルを作成。

>Test
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC
TTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAA
TATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACC
ATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAG
CCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTTTTTTTTCGACCAAAGGTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAA
GTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCC
AGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTG
AAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAGCGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTT

blast を実行する。

blastall -p blastn -d yeast.nt -i test.txt -o test.out

p はプログラム名、-d は解析するデータ、-i は sequence of interest の入ったファイル名、-o は解析結果をはきだすファイル名。test.out ができて解析結果が入っていれば成功。

私の場合は以下のような感じになっていた。

BLASTN 2.2.20 [Feb-08-2009]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
“Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs”, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= Test
(560 letters)
Database: yeast.nt
17 sequences; 12,155,026 total letters
Searching…………………………………………..done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
ref|NC_001145.1| Saccharomyces cerevisiae chromosome XIII, compl… 32 1.3
ref|NC_001142.1| Saccharomyces cerevisiae chromosome X, complete… 32 1.3
ref|NC_001136.2| Saccharomyces cerevisiae chromosome IV, complet… 32 1.3
ref|NC_001148.1| Saccharomyces cerevisiae chromosome XVI, comple… 30 5.2

これで動作確認が終了。

ちなみに、そのプログラムは VC2003 で作られられていて、VC2008に移植すると、コンパイル時で警告が出ましたので対応をリストしておきます。

1つは、

warning D9035 : オプション ‘Wp64′ の使用は現在推奨されていません。今後のバージョンからは削除されます

という警告。これはプロジェクトのプロパティから「C/C++」→「全般」の「64ビット移植への対応」を「いいえ」にしたら消える。

もう1つは、

warning C4996: ‘strcpy’ が古い形式として宣言されました。

これは strcpy, strcat, sprintf のような標準Cの文字列操作関数の利用が非推奨になったっためらしい。代わりに strcpy_s, strcat_s, sprintf_s などを使えと。

ただ、直すのは面倒なので、同じくプロジェクトのプロパティの「プリプロセッサの定義」に、_CRT_SECURE_NO_DEPRECATE をつけて黙らす。

最後に、「Visual Studio 2005 および Visual Studio 2008 のウィザードでポップアップ スクリプトエラーが出る」という問題。

IE 8 のせいで！（最悪！！）VS2005 と VS2008 で、関数や変数、クラス、新規プロジェクトを追加したときに問題が起きるとか。詳細はこちら。

簡単にいうと、以下のレジストリを追加して解決。

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones

にキーを作成し、以下のDWORD 値を入力。

名前 1207
種類 REG_DWORD
データ 0×000000

でも、肝心のエラーはこれが原因ではなさげ。やれやれです。