自分用のメモです

Linux に R-2.4.1 をインストールする方法

http://cran.r-project.org/ からR-2.4.1.tar.gzをダウンロード.
./configure
make
make install

ライブラリのインストール

R http_proxy=”http://…”
install.packages(“pvclust”)

Linuxにての起動方法いろいろ
GUIモードで起動

R –gui=Tk

メモリサイズをひろげて起動

R –max-nsize=1000M

Winにての起動方法いろいろ
メモリサイズをひろげて起動

R –max-mem-size=1000M
Rterm.exe –max-mem-size=1000M

もしくはR起動後に

memory.limit(size=1000);

ブートストラップの実地方法
library(pvclust)
x <- read.delim(“sample.txt”,header=FALSE,row.names=1)
x.pv <- pvclust(x,method.dist=”binary”,method.hclust=”single”,nboot=20)
x.pv <- pvclust(x,method.dist=”binary”,method.hclust=”single”,nboot=20,r=1)
plot(x.pv)