自分用のメモでござる。気にしないで下さい。

Reconstruction of metabolic networks from genome data and analysis of their
global structure for various organisms.
を読む。
代謝反応パスウェイの頂点の次数はべき分布であり、すべての頂点を
結ぶ最短距離の平均は3ステップ程度となる。そのため、small world
ネットワークだといわれていた。しかし、これはハブとなる化合物を経由
してしまうのが原因であり、生物学的に正しい経路出ないことが多い。
しかしまた、これを自動的に取り除くというのは難しい。そこで、手作業
で補因子を除外したデータを作成した上で、代謝反応パスウェイを有向
グラフに見立て、BFSで任意の化合物からの最短経路を取得。その平
均経路長を80種の生物で計算した。
特徴
・ソースはKEGG
・データベースをEXCEL上で作成
謎
Internal metabolites と External metabolites の定義が外部の論文参照な
のでいまいち分からず。なので、生物学的に正しい経路として補因子を入れ
たらいかんのじゃ！という根拠もまたいまいち理解できず。
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Methods based on graph theory were shown to be useful
for network structure analysis (Albert et al., 2000; Jeong
et al., 2000). In these methods the metabolites correspond
to nodes in the graph, and reactions correspond to connections
between these nodes.